Anlegen einer ChIP-seq DNA-Bibliothek. Wo beginne ich?


Eingestellt von Tamar A. am 18. Sep. 2019 03:15:00

Die Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq) ist eine flexible und leistungsstarke Technik. Sie wird von Forschern angewendet, um aufzudecken, wie die Genregulation verschiedene biologische Ereignisse und das Fortschreiten verschiedener Leiden wie Krebs und neurodegenerativer Erkrankungen beeinflusst.

WEITERLESEN >

Themen: ChIP, Epigenetik

Wie man zwischen enzymatischem oder Ultraschallprotokoll für die ChIP entscheidet


Eingestellt von Chris S am 26. Juni 2019 03:10:00

Forscher nutzen die Chromatin-Immunpräzipitation, oder ChIP, um Protein-DNA-Wechselwirkungen im Zusammenhang mit Chromatin zu identifizieren und zu charakterisieren. ChIP-Experimente können mit verschiedenen Ausgangsproben und Chromatin-Fragmentierungsmethoden durchgeführt werden und liefern ChIP-qPCR- oder ChIP-seq-Readouts.

WEITERLESEN >

Themen: ChIP, Epigenetik

Tech Tips-Video: Wie viel Antikörper sollte ich für die ChIP einsetzen?


Eingestellt von Ken B am 28. Nov. 2018 03:15:00

Es ist Zeit, sich ein weiteres Video aus der CST Tech Tips Playlist anzusehen!In dieser Ausgabe der Tech Tips nehmen wir eine protokollbezogene Frage in Angriff, die Kunden häufig an unser ChIP-Team stellen: wie viel Antikörper in Chromatin-Immunpräzipitations (IP)-Experimenten eingesetzt werden sollte. Mehr Antikörper zuzugeben ist nicht immer besser – erfahren Sie im Video, warum. 

Das oben eingebettete Video wird Ihnen nicht dargestellt? Klicken Sie auf den Link unten, um es abzuspielen: 

Wie viel Antikörper sollte ich in ChIP-Experimenten einsetzen? | CST Tech Tips
 

Vergessen Sie nicht, sich für den CST YouTube-Kanal mit noch mehr Videos zu registrieren, um Ihre Forschung voranzubringen!

 Registrieren

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, Primäre Antikörper, ChIP, Tech Tips

Die Mythen über ChIP/ChIP-seq zerstören: Monoklonale vs. polyklonale Antikörper


Eingestellt von Neha G and Ken B am 26. Sep. 2018 03:15:00

Forscher, die viele Chromatin-Immunpräzipitation „ChIP“-Assays durchführen – vielleicht sogar Ihr Betreuer –
vertreten eventuell die Meinung, dass polyklonale Antikörper bessere Leistungen erbringen als monoklonale Antikörper. Aber ist das wirklich immer wahr?

Es lohnt sich, die Unterschiede zwischen den beiden in Bezug auf Antigenerkennung und Spezifität zu verstehen und einige Mythen zu entlarven. 

WEITERLESEN >

Themen: Antikörperperformance, ChIP, Antikörpervalidierung, Posttranslationale Modifikation, Reproduzierbarkeit

Keep ChIP’ing away.


Eingestellt von Curtis D am 31. Jan. 2018 06:00:00

Ihre Experimente und Daten führen Sie also auf einen unausweichlichen Weg. Sie müssen die direkte Genregulation durch Ihr Zielprotein zeigen. Und Sie denken sich: "Oh, ChIP..."

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, Antikörperperformance, ChIP, Techniken, Reproduzierbarkeit

Brauchen Sie bessere ChIP-Ergebnisse? Nutzen Sie den enzymatischen Verdau


Eingestellt von Carolyn P am 05. Aug. 2015 12:33:00

Der Erfolg oder Misserfolg eines Chromatin-Immunpräzipitations (ChIP)-Experiments hängt in hohem Maße von der Integrität des Chromatin und des Proteinepitops ab, daher kann Ihre Methode der Chromatinpräparation einen wesentlichen Einfluss auf die Qualität Ihrer Ergebnisse haben.

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, ChIP, Techniken

4 Schritte zu besseren ChIP Ergebnissen – Schritt 4 – Downstream-Analyse


Eingestellt von Carolyn P am 11. Mär. 2015 03:00:00

Im ersten Teil dieser Reihe wurde beschrieben, wie wichtig es ist, die richtigen Kontrollen für Ihre Protokolle zu verwenden. In Teil 2 haben wir besprochen, wie sich die Chromatinpräparation auf das Endergebnis des Experiments auswirkt. Dann haben wir einen Beitrag auf den Immunpräzipitations-Antikörper verwendet – jetzt wollen wir die Daten analysieren.

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, ChIP, Techniken

4 Schritte zu besseren ChIP Ergebnissen – Schritt 3 – Die Wahl eines Antikörpers


Eingestellt von Carolyn P am 04. Mär. 2015 03:00:00

Im ersten Teil dieser Reihe wurde beschrieben, wie wichtig es ist, die richtigen Kontrollen für Ihre Protokolle zu verwenden. In Teil 2 haben wir besprochen, wie sich die Chromatinpräparation auf das Endergebnis des Experiments auswirkt. Denken wir jetzt kurz über den Immunpräzipitations-Antikörper nach.

Antikörper, die für das Ziel von Interesse nicht sehr spezifisch sind, können unvorhersehbar binden und das Hintergrundrauschen erhöhen; und dies kann es schwieriger machen, weniger häufige oder Wechselwirkungen geringerer Stabilität nachzuweisen.

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, ChIP, Techniken

4 Schritte zu besseren ChIP-Ergebnissen – Schritt 2 – Richtig präparieren


Eingestellt von Carolyn P am 25. Feb. 2015 03:00:00

Im ersten Teil dieser Reihe wurde beschrieben, wie wichtig es ist, die richtigen Kontrollen für Ihre Protokolle zu verwenden. Wir werden nun untersuchen, wie sich die Chromatinpräparation auf das Endergebnis des Experiments auswirkt.

Berücksichtigen Sie zunächst die Art der Wechselwirkung, die Sie nachweisen möchten:

  • Sehr häufige, hochstabile Protein-DNA-Wechselwirkungen wie zwischen Histonen und DNA treten häufig genug auf, so dass sie auch dann noch nachgewiesen werden können, wenn das Protokoll nicht vollständig optimiert ist.
  • Seltene, weniger stabile Wechselwirkungen wie die Bindung von Proteinen der Polycomb-Gruppe an spezifische Gene (z. B. Ezh2) können unter die Nachweisgrenze fallen, wenn das Protokoll die Integrität von Protein und DNA nicht sicherstellt, oder wenn es auf einem Antikörper beruht, der für das Zielprotein von Interesse nicht hochspezifisch ist.

Jetzt ist es an der Zeit, über Ihre Optionen bei der Präparation Ihres Chromatins nachzudenken...

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, ChIP, Techniken

4 Schritte zu besseren ChIP-Ergebnissen – Schritt 1 – Die Kontrolle übernehmen


Eingestellt von Carolyn P am 18. Feb. 2015 03:00:00

Einführung

Sie sind ein konfokaler Maestro, der die Laser, Filter und die Verstärkungseinstellungen wie eine Stradivari spielt, um jene ins Auge springenden, datengefüllten Bilder zu erzeugen, die Ihre Kollegen vor Neid erblassen lassen.  Sie lehnen sich zurück, arbeiten an einem Kreuzworträtsel und beobachten voller Zuversicht, während die roten und grünen Lichter über Ihren Bildschirm tanzen. Aber was passiert, wenn Sie den Objektträger mit dieser zufälligen Behandlung erreichen, die Sie auf Drängen Ihres Betreuers (über Ihre stichhaltigen Einwände hinweg) mit aufnehmen mussten . . . und Sie entdecken Ihr zytoplasmatisches Lieblingsprotein, das wie Doktoranden von kostenloser Pizza vom Zellkern angezogen wird?

Sie werden direkt auf Ihren Betreuer zugehen und denken „Ich werde vielleicht gedemütigt, aber das ist es absolut wert.“ Und genau dann, wenn Sie an seiner Tür klopfen, trifft es Sie - Oh nein! - Ich werde herausfinden müssen, wie man eine ChIP durchführt. 

Keine Sorge - wir können helfen!

Chromatin Immunpräzipitation (ChIP) wird verwendet, um Wechselwirkungen zwischen Protein und DNA innerhalb des natürlichen Chromatin-Kontexts des Zellkerns zu untersuchen. ChIP-Experimente erfordern zunächst die Fixierung der Zellen, wodurch die Protein-DNA-Wechselwirkungen an Ort und Stelle quervernetzt werden. Das Chromatin wird dann in Fragmente aufgebrochen und ein Antikörper wird verwendet, um das Protein von Interesse zusammen mit jeglicher gebundener DNA zu immunpräzipitieren. Schließlich wird die Protein-DNA-Quervernetzung rückgängig gemacht, und die präzipitierte DNA wird aufgereinigt. Die aufgereinigte DNA kann einer weiteren Analyse unterzogen werden, wie z. B. Standard- oder Real-Time-PCR, Microarray oder Sequenzierung.

Diese Experimente sind empfindlich gegenüber der Integrität des Chromatins, der Qualität des Protein-Epitops und der Spezifität des immunpräzipitierenden Antikörpers; und diese Variablen werden noch kritischer, wenn die untersuchte Protein-DNA-Wechselwirkung selten auftritt oder instabil ist.

WEITERLESEN >

Themen: Protokolle, ChIP, Techniken

Registrieren Sie sich für E-Mail Updates

Neueste Beiträge

Powered By OneLink