STR-Analyse: Was wächst da in Ihrem Inkubator?


Eingestellt von Hayley R. am 06. Mär. 2019 03:15:00

Zelllinien sind ein wesentlicher Teil der naturwissenschaftlichen Forschung und Entwicklung. Aber wussten Sie, dass schätzungsweise 18-36 % der Zelllinien falsch gekennzeichnet oder mit anderen Zelllinien kreuzkontaminiert sind?

Falsch gekennzeichnete Zelllinien sind in Journalen und klinischen Studien mittlerweile zu einem so großen Problem geworden, dass generell vor jeder Veröffentlichung eine Authentifizierung der Zelllinien gefordert wird und dies von Förderinstitutionen auch ausdrücklich empfohlen wird. NIH-Förderanträge beinhalten nun einen Abschnitt, in dem Bewerber ihren Authentifizierungsplan beschreiben müssen. Um mehr über diese Anforderungen zu erfahren, lesen Sie diese Bekanntmachung der NIH oder nehmen Sie hier Einsicht in eine Liste mit Journalen, die entsprechende Vorgaben machen.

STR-Analyse: Was wächst da in Ihrem Inkubator?

Zum Glück gibt es bereits eine einfache Lösung! Die Zelllinien-Authentifizierung durch STR-Profiling ist in der Lage, schnelle und zuverlässige Daten bereitzustellen, um zu bestätigen, dass die Zelllinie, die Sie aktuell heranziehen, auch tatsächlich diejenige ist, von der Sie glauben, dass sie es ist. STRs (short tandem repeats), oder zu Deutsch Mikrosatelliten, sind kurze DNA-Sequenzen, die zum Erstellen eines genetischen Profils genutzt werden können. Durch den Vergleich des STR-Profils der Probe, die Sie authentifizieren möchten, mit Referenzdaten für Zelllinien, können Sie ermitteln, ob Ihre Zelllinie wirklich eine genetische Übereinstimmung ist. Referenzdaten für STR-Profile können in Datenbanken eingesehen werden, die auf den Seiten großer Zelllinienbanken zur Verfügung gestellt werden.

Für die Durchführung von STR-Analysen in Ihrem Labor gibt es viele verschiedene Optionen. Suchen Sie sich zuerst ein seriöses Unternehmen, das diesen Service anbietet, und entnehmen Sie Ihren Zellen dann eine kleine Probe. Die meisten Labore werden gefrorene, frische oder getrocknete Zellpellets oder genomische DNA-Proben für die Analyse annehmen. Es gibt sogar noch einfachere Möglichkeiten. Zum Beispiel die DNA auf ein postalisches Auftragsformular aufzutropfen, das dann an das Labor zurückgesendet wird, bei dem die Analyse in Auftrag gegeben wurde. Zu guterletzt können Sie dann noch entscheiden, ob die Daten von dem beauftragten Unternehmen analysiert werden sollen, oder ob Sie diese selbst interpretieren möchten. Alle diese Optionen haben unterschiedliche Preise. Recherchieren Sie also ein wenig und entscheiden Sie sich für die Lösung, die für die Einleitung dieses Prozesses in Ihrem Labor am besten funktioniert.

Beachten Sie, dass die STR-Analyse nur für menschliche Zelllinien verfügbar ist, aber manche Einrichtungen auch die Analyse von Mausmarkern mit einschließen. Auch wenn Ihnen dies keinen Aufschluss darüber geben wird, welche Mauszelllinie es ist, kann so zumindest bestimmt werden, ob eine Mauszelllinie da vorkommt, wo sie eigentlich nicht sein sollte.

Diese Technologie ist enorm wichtig, denn Zellen einfach nur permanent zu subkultivieren, kann zu genetischen Drifts und Anpassungen an Umweltbedingungen führen. Dies kann so weit gehen, dass die Zellen irgendwann nicht mehr das sind, was sie anfangs einmal waren. Dies hier sind die wichtigen Stadien, in denen Sie die Identität Ihrer Zellen überprüfen sollten:

– Während einer der ersten Subkultivierungen, um die Identität der Zelllinie einwandfrei festzustellen
– Vor dem Beginn einer neuen Studie und nochmals direkt vor der Veröffentlichung
– Vor dem Einfrieren einer neuen Zellbank
– Wenn sich die Zelllinie nicht so verhält wie erwartet

Um unserer Verpflichtung gegenüber der Reproduzierbarkeit nachzukommen, haben wir bei CST schon vor vielen Jahren die Authentifizierung von Zelllinien eingeführt. Unsere Kunden können sich sicher sein, dass unsere Validierungsleistungen bis auf die zelluläre Ebene hinab durchgeführt werden.

Die Authentifizierung von Zelllinien kann Sie davor bewahren, nach Stunden, Monaten oder sogar Jahren festzustellen, dass Ihre harte Arbeit und Ihre Forschung kompromittiert ist, weil eine Zelllinie falsch identifiziert oder kreuzkontaminiert ist. Ergreifen Sie jetzt sofort Maßnahmen, um zu verhindern, dass Ihr Labor irgendwann feststellen muss, dass Ihre Forschung nicht reproduziert oder fortgeführt werden kann. Falls Sie immer noch nicht davon überzeugt sind, dass dies ein ernstzunehmendes Problem ist, denken Sie an all die vielen verschiedenen HeLa-Zellen, die auf der ganzen Welt in Laboren kultiviert wurden und alle dieselben sein sollten … es aber nicht sind!

Und denken Sie wie immer daran, dass ein einziger Assay nicht ausreichend ist, um einen Antikörper zu validieren!

Erfahren Sie mehr über die Reproduzierbarkeit von Antikörpern.

PMID: 18072586

  

Nur für den Gebrauch zu Forschungszwecken. Nicht für den Gebrauch in diagnostischen Verfahren.

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