Anlegen einer ChIP-seq DNA-Bibliothek. Wo beginne ich?


Eingestellt von Tamar A. am 18. Sep. 2019 03:15:00

Die Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq) ist eine flexible und leistungsstarke Technik. Sie wird von Forschern angewendet, um aufzudecken, wie die Genregulation verschiedene biologische Ereignisse und das Fortschreiten verschiedener Leiden wie Krebs und neurodegenerativer Erkrankungen beeinflusst.

Wenn ein ChIP-seq-Experiment durchgeführt wird, wird die quervernetzte DNA zunächst mit den Proteinen, mit denen sie wechselwirkt, ko-immunpräzipitiert. Dazu werden ChIP-seq-validierte Antikörper eingesetzt, die für das Zielprotein von Interesse spezifisch sind. Die immunangereicherte ChIP-DNA wird dann verwendet, um eine DNA-Bibliothek zu erzeugen, bevor diese auf einer Next Generation Sequencing (NGS)-Plattform wie dem Illumina® HiSeq 2500 System sequenziert wird.

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Dieser Ansatz ermöglicht es Forschern, DNA-Protein-Wechselwirkungen in einer ergebnisoffenen, genomweiten Herangehensweise zu erforschen: Einsichten in die Erkrankungs-assoziierte Regulation der Transkription, gewebespezifische epigenetische Regulation und Chromatinorganisation werden so geliefert (1).  Die ChIP-seq wurde angewendet, um neue regulatorische Elemente wie die Transkriptionsfaktoren, die das „Enhanceosome“ ausmachen und eine Hauptrolle in der Differenzierung embryonaler Stammzellen spielen, zu entdecken (2). Sie hat ebenfalls zu Einsichten darüber geführt, wie sich Histonmodifikationen und die DNA-Methylierung auf die Chromatindynamik auswirkt, die in verschiedenen Krankheitsstadien häufig gestört ist (3–5).

Qualitativ hochwertige, zuverlässige ChIP-seq-Daten zu erzeugen, hängt von der Optimierung des ChIP-Experiments und des Anlegens der DNA-Bibliothek ab. Damit Sie die bestmöglichen ChIP-seq Resultate erhalten, bietet Ihnen unser neuer Anwendungshinweis Tipps und Empfehlungen von unseren Cell Signaling Technology® (CST®)-Experten, darunter:

  • Wie Sie Ihr PCR-Amplifizierungsprotokoll auf Basis der Ausgangsmenge an ChIP-DNA anpassen
  • Wie Sie die Qualität Ihrer DNA-Bibliothek bestätigen, bevor Sie diese zum Sequenzieren geben
  • Wie Sie DNA-Bibliotheken poolen, um für jede Probenbibliothek die gewünschte Tiefe an Sequenzierung zu erhalten
  • Wie Sie die Qualität der ChIP-seq-Daten schnell auf einem hohen Niveau bestimmen, bevor Sie tiefergehende Analysen starten

CST bietet ebenfalls eine umfassende Sammlung an Protokollen und Ressourcen, um Sie beim ChIP-Teil Ihres ChIP-seq-Experiments zu unterstützen, und auch ein komplettes Portfolio an ChIP-seq-validierten Antikörpern, Kits und Reagenzien.

Erfahren Sie mehr über die Optimierung des Anlegens einer ChIP-seq DNA-Bibliothek.

Erfahren Sie mehr über ChIP und ChIP-seq.

Sehen Sie sich unsere vollständige Liste an ChIP-seq-validierten Antikörpern an.

Literatur:

  1. Nakato, R. and Shirahige, K. (2017) Brief Bioinform 18(2):279-290.
  2. Beck, S. et al. (2015) Cell Mole Life Sci 72:199-216.
  3. Grosselin, K. et al. (2019) Nature Genetics 51:1060-1066.
  4. Schick, S. et al. (2015) J Cell Sci 128(23):4380-4394
  5. Arneson, D. et al. (2018) J Genet 97(3):795-806.
  6. Simmonds, P. et al. (2017) Genome Med 9:54.
  7. Berson, A. et al. (2018) Trends Neurosci 41(9):587-598.

Nur für den Gebrauch zu Forschungszwecken. Nicht für den Gebrauch in diagnostischen Verfahren.

Themen: ChIP, Epigenetik

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